Na documentação oficial do Windows XP, encontramos algumas recomendações relacionadas ao processo de desfragmentação de unidades:

• Analisar antes de desfragmentar: Analise os volumes antes de desfragmentá-los. Depois de analisar um volume, uma caixa de diálogo informa a porcentagem de pastas e arquivos fragmentados no volume e recomenda um procedimento, conforme indicado na Figura 9.21. Analise os volumes regularmente e desfragmente-os apenas quando o Desfragmentador de disco recomendar. Uma boa diretriz é analisar os volumes pelo menos uma vez por semana. Se você raramente precisar desfragmentar os volumes, analise-os mensalmente em vez de semanalmente.
• Analisar depois que vários arquivos forem adicionados: Os volumes podem se tornar excessivamente fragmentados quando os usuários gravam um grande número de arquivos ou pastas; portanto, certifique-se de analisar os volumes depois que isso acontecer. Normalmente, os volumes em servidores de arquivo bastante utilizados, devem ser desfragmentados com mais freqüência do que aqueles em estações de trabalho de um único usuário. Isto acontece porque em pastas compartilhadas, em servidores de arquivos, temos vários usuários gravando e excluindo arquivos pela rede, simultânea e diariamente. Este tipo de utilização faz com que o volume onde se encontra a pasta compartilhada fique bastante fragmentado. Tal fato acaba por comprometer o desempenho do compartilhamento, tornando as operações com arquivos bem mais lentas do que o normal.
• Certifique-se de que o disco tem pelo menos 15% de espaço livre: Um volume deve ter pelo menos 15% de espaço livre para que o Desfragmentador de disco desfragmente-o completa e adequadamente. O Desfragmentador de disco utiliza esse espaço como uma área de classificação para fragmentos de arquivo. Se um volume tiver menos de 15% de espaço livre, o Desfragmentador de disco o desfragmentará apenas parcialmente. Para aumentar o espaço livre em um volume, exclua os arquivos desnecessários, ou mova-os para outro disco.
• Desfragmentar durante períodos de pouco uso: Desfragmente volumes de servidor de arquivos durante os períodos de pouco uso para minimizar os efeitos do processo de desfragmentação no desempenho do servidor de arquivos. O tempo que o Desfragmentador de disco leva para desfragmentar um volume depende de diversos fatores, inclusive do tamanho do volume, do número de arquivos que ele contém, do número de arquivos fragmentados e dos recursos de sistema disponíveis.
• Desfragmentar depois de instalar um software ou o Windows: Desfragmente volumes depois de instalar algum software ou depois de desempenhar uma atualização ou instalação completa do Windows. Freqüentemente, os volumes ficam fragmentados depois de instalar softwares que gravam um grande número de arquivos no disco rígido; por isso, executar o Desfragmentador de disco ajuda a garantir o melhor desempenho do sistema de arquivos.